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董卓乱政
董卓为了夺权，开始铲除反对者，手段残暴，引起了诸多不满。他促使吕布杀死掌管都城禁卫的丁原夺得其军队，袁绍及曹操等原先掌握过兵权的将领纷纷逃离首都洛阳。最后董卓废除并杀死了汉少帝，改立刘协为帝，史称汉献帝，至此董卓完全掌握了朝廷。
190年，东郡太守桥瑁诈称以京师三公之名向各地发檄文，陈述董卓的恶行，联络各地州牧、刺史及太守讨伐董卓，共有十一路地方军加入，群雄并起，共推袁绍为盟主，史称“关东军”。董卓为了回避其锋芒，于是挟持汉献帝、强迁居民，迁都到长安，并火烧旧都洛阳。其间，关东联军只有孙坚、曹操二人真正出兵与董卓对战，但因持久力不足而退，而关东军也随之解散。此后，群雄纷纷割据一方，互相攻击。董卓迁都后，自封为太师，继续掌控朝政。
192年董卓最后被司徒王允和部下吕布等合谋刺杀，其族人亦被屠灭殆尽。不久董卓属下李傕、郭汜等人率兵攻入长安，杀死王允，吕布兵败逃亡，李傕等人挟持汉献帝，专政四年。其间凉州马腾与韩遂等也率军逼近长安。李傕派郭汜、樊稠及侄子李利于长平观击败马腾等人。195年，由于李傕与郭汜等人内部不和，发生内斗，分别挟持献帝与大臣，长安陷入一片战乱。7月，汉献帝离开长安，开始东归洛阳。李傕与郭汜等人又联合起来，追击献帝。而后汉献帝派人与李傕、郭汜讲和才停止追击。196年献帝辗转流亡，回到已成废墟的旧都洛阳，随后被曹操迎奉到许都。隔年，郭汜被自己的部将伍习杀死。198年，曹操派裴茂率领段煨等关中诸将讨伐李傕，李傕被诛杀，至此关中初定。
群雄割据
讨伐董卓之战结束后，各地方军阀对东汉皇帝政权已不加理会，转而发展各自的势力。原董卓部下张济因军中缺粮，途径荆州南阳掠夺，在攻打穰城时战死。其军队由侄子张绣继承后，反被荆州牧刘表安置在宛城，联手抵御曹操。孙坚在攻打刘表据有的襄阳时战死，其子孙策投奔袁术后向他借兵，带领孙坚旧部于196年到199年间在江东四处征战。最后孙策独领江东，与刘表对峙，并等待时机北上中原。197年袁术于寿春称帝，国号“成”，最后被曹操及刘备攻灭。194年益州牧刘焉病死，其子刘璋接任，与汉中的张鲁决裂，两方对峙。马腾、韩遂等人则于凉州、雍州一带各自发展势力。公孙瓒击败刘虞后雄踞幽州，最后被袁绍灭亡。东迁的吕布先是夺取曹操的兖州，被击败后先附刘备，接着夺其领地徐州，最后被曹操于下邳抓获处死。刘备继任病故的陶谦成为徐州牧，但先后因吕布及曹操而失去徐州，不得不依附河北袁绍，后又逃到汝南试图建立势力。
此时期各势力中成绩最突出的是袁绍与曹操，袁绍先用计占据韩馥的冀州，继而打败田楷、臧洪、公孙瓒等人，掌握青、冀、幽、并四州，雄霸河北，气势强劲。曹操四处征战，收编黄巾军余部男女老少约十万人，择其精锐组成了著名的“青州军”，几经转折，控制了兖州。曹操奉立东逃的献帝于许昌后，借由朝廷名义来讨伐各地群雄；先后破袁术、灭吕布、降张绣、逐刘备。势力发展成兖、豫、徐三州、部分司隶、雍州等中原地区。由于袁曹双方的势力持续壮大，最后发生了决战。公元200年曹操通过官渡之战大败袁绍，又通过几年时间，消灭了袁绍三个儿子袁谭、袁熙、袁尚的势力。通过北征乌丸以及平定辽东公孙康，曹操基本上统一了北方。
三国鼎立
208年，曹操统一北方后，乘刘表病死之机率大军南下，其子刘琮向曹操投降，刘备离开新野，南下江陵，途中被曹军追上击败，逃至夏口。此时鲁肃到备处探听情况，刘备也派诸葛亮出使江东，双方结盟，共抗曹军。孙、刘联军以少胜多，大败曹军于赤壁，迫使曹军退回中原。促使形成三国时期开始的时间学者各有不同见解局面。孙权、刘备双方也开始各自争夺荆州。刘备成功逼降荆南四郡；而孙权部将周瑜也向荆州南郡发兵成功将西北一带收为领地。